De bovenbouw start in leerjaar 3. In de bovenbouw krijgen leerlingen les op één niveau: vmbo-b, vmbo-k of vmbo-t. Daarbij kiezen leerlingen een profiel en kunnen ze verschillende vakken kiezen.
De keuzemogelijkheden voor profielen en vakken verschillen tussen vmbo-b /vmbo-k en vmbo-t.
In de bovenbouw kiezen leerlingen die onderwijs volgen op vmbo-b en vmbo-k een profiel. Nuenens College biedt 2 profielen aan: Economie & Ondernemen en Zorg & Welzijn. Leerlingen volgen algemene vakken zoals Nederlands en Engels, en een praktijkvak binnen het gekozen profiel.
Leerlingen doen uiteindelijk examen in 4 theorievakken en het praktijkvak (in het gekozen profiel).
In de bovenbouw volgen leerlingen 4 verschillende keuzevakken. Leerlingen mogen zelf bepalen welke keuzevakken dat zijn. Nuenens College biedt 9 verschillende keuzevakken aan.
Naast de reguliere niveaus bieden wij ook een leerwerktraject (LWT-traject) aan op vmbo-b-niveau. In een leerwerktraject volgen de leerlingen onderwijs en ze lopen stage bij een erkend leerbedrijf.
Naast de stage moeten leerlingen de vakken Nederlands en beroepsgericht (profielvak én vier keuzevakken) volgen en afsluiten. Na een succesvol examen krijgen zij het diploma basisberoepsgerichte leerweg/leer-werktraject.
Leerlingen die onderwijs volgen op vmbo-t niveau stellen in de bovenbouw een vakkenpakket samen. Hierin zijn de vakken Nederlands en Engels verplicht. Leerlingen doen uiteindelijk in minimaal 6 vakken eindexamen.
Nuenens College biedt het vak LO2 (lichamelijke opvoeding 2) als extra vak aan. Dit vak wordt gevolgd als zevende vak. LO2 is een verdieping op het verplichte vak LO. Tijdens LO2 is er veel aandacht voor bewegen, organiseren en gezondheid.
Nuenens College biedt het extra vak beeldende vorming aan. Leerlingen die op vmbo-t niveau onderwijs volgen, kunnen examen doen in dit vak.